Primero fue aquel capítulo en el que se cuestionaba la sexualidad de Tom Cruise, con la aparición de John Travolta, seguidor de la Iglesia de la Cienciología al igual que Tom Cruise. Después el abondono de la serie de Isaac Hayes (que pone la voz al Chef), y la posterior decisión por parte de los productores de convertir al Chef en un pedófilo y matarlo en pantalla.
La última de la guerra entre South Park y la Iglesia de la Cienciología es la cancelación de la emisión de un episodio polémico sobre la la Iglesia de la Cienciología (al parecer todo el episodio era una gran parodia). Algunos rumores en la blogosfera achacan su cancelación incluso al propio Tom Cruise, ya que el actor podría haber amenazado con cancelar la promoción de su próxima película Misión Imposible 3 (tanto la película, a través de Paramount, como la serie, a través de Comedy Central, pertenecen Viacom). Parece que el serial Tom Cruise-South Park continúa, y no tiene pinta de terminar.
Los que se posicionan a favor de la Iglesia de la Cienciología argumentan que no esta bien burlarse de una religión, los que se posicionan a favor de South Park opinan que hasta ahora se habían metido con el resto de religiones y no había pasado nada. ¿Creéis que esta vez se han pasado de la raya o bien que este tipo de cosas son la esencia de la serie? ¿Todo vale o existe algún tema tabú?